大中型企业在拆迁过程中，一般情况下组建了具备大中型企业拆迁经验的专业律师为核心、包括财务及决策人员的团队，企业财务人员在拆迁后期应占据拆迁进展的主导地位，包括及时与团队律师核实拆迁进展及妥善处理企业拆迁补偿款的税务问题，特别是对于拆迁后继续经营的大中型企业更是如此。
企业拆迁补偿相关的税费:
1、营业税
《国家税务总局关于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者行为营业税问题的通知》（国税函[2008]277号）文件规定：纳税人将土地使用权归还给土地所有者时，只要出具县级（含）以上地方人民政府收回土地使用权的正式文件，无论支付征地补偿费的资金来源是否为政府财政资金，该行为均属于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者的行为，按照《国家税务总局关于印发〈营业税税目注释（试行稿）〉的通知》（国税发[1993]149号）规定，不征收营业税。
2、土地增值税
《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第十一条规定：因城市实施规划、国家建设的需要而搬迁，由纳税人自行转让原房地产的，免征土地增值税。财税[2006]21号文件规定：《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第十一条所称：因“城市实施规划”而搬迁，是指因旧城改造或因企业污染、扰民（指生产过量废气、废水、废渣和噪音，使城市居民生活受到一定危害），而由政府有关主管部门根据已审批通过的城市规划确定进行搬迁的情况；因"国家建设的需要"而搬迁，是指因实施国务院、省级人民政府、国务院有关部委批准的建设项目而进行搬迁的情况。
3、企业所得税
《国家税务总局关于发布《企业政策性搬迁所得税管理办法》的公告》（国家税务总局公告2012年第40号）第十五条：企业在搬迁期间发生的搬迁收入和搬迁支出，可以暂不计入当期应纳税所得额，而在完成搬迁的年度，对搬迁收入和支出进行汇总清算。
企业的搬迁收入，扣除搬迁支出后的余额，为企业的搬迁所得。企业应在搬迁完成年度，将搬迁所得计入当年度企业应纳税所得额计算纳税。下列情形之一的，为搬迁完成年度，企业应进行搬迁清算，计算搬迁所得：第一，从搬迁开始，5年内（包括搬迁当年度）任何一年完成搬迁的；第二，从搬迁开始，搬迁时间满5年（包括搬迁当年度）的年度。 
企业搬迁收入扣除搬迁支出后为负数的，应为搬迁损失。搬迁损失可在下列方法中选择其一进行税务处理：第一，在搬迁完成年度，一次性作为损失进行扣除。第二，自搬迁完成年度起分3个年度，均匀在税前扣除。上述方法由企业自行选择，但一经选定，不得改变。
搬迁规划已基本完成并且当年生产经营收入占规划搬迁前年度生产经营收入50%以上，视为已经完成搬迁；企业边搬迁、边生产的，搬迁年度应从实际开始搬迁的年度计算；企业以前年度发生尚未弥补的亏损的，凡企业由于搬迁停止生产经营无所得的，从搬迁年度次年起，至搬迁完成年度前一年度止，可作为停止生产经营活动年度，从法定亏损结转弥补年限中减除；企业边搬迁、边生产的，其亏损结转年度应连续计算。
其他相关部分法律文件：
《关于企业收到政府拨给的搬迁补偿款有关财务处理问题的通知》（财企[2005]123号）
《国家税务总局关于企业政策性搬迁或处置收入有关企业所得税处理问题的通知》（国税函〔2009〕118号）
《国家税务总局关于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者行为营业税问题的通知》（国税函〔2008〕277号）