从《国有土地上房屋征收与补偿条例》从2011年1月21日发布并实施以来的情况看，纠纷的解决只有在法律许可的范围进行选择才是正道。
（一）协商
    和谐社会的建立，最重要的两点：一是防止矛盾发生；二是发生矛盾能化解而不激化。协商解决房屋征收争议具有历史与现实的条件和可能。房屋征收矛盾的多数集中在补偿安置这个经济问题上，因此决定了绝大多数矛盾是可以通过协商解决的。尤其是征收人与被征收人就征收补偿安置协议的订立与履行等产生争议，则完全可以先通过协商解决。
（二）行政复议
    行政复议虽然不是每个争议解决的必经阶段，但行政复议与房屋征收各阶段交织在一起，只要当事人认为该具体行政行为侵犯其合法权益，均有权依法向管辖部门申请行政复议。在复议阶段则有行政调解、化解矛盾的空间。
    根据《行政复议法》第六条规定，行政复议的受理条件有两点：
    第一，行政机关作出具体行政行为；
    第二，行政相对人认为该具体行政行为侵犯其合法权益。
    根据上面的规定，提起复议的门槛不高。被征收人对于政府的补偿决定不服的，被征收人可以在收到决定的60天内提出行政复议。
（三）诉讼程序
    在以往的国有土地上房屋拆迁拆迁中，被征收人普遍存在一种不愿意及时使用诉讼手段来审查拆迁许可合法性的缺点。其不良后果多是丧失诉讼权而使一些站在征收人一方的法律人和官员则千方百计地剥夺被征收人的诉权，致使一些明显违法的拆迁许可逃避了司法审查。
    这些问题在近年来的征收活动中继续存在，其结果是使矛盾失去了法律框架内解决的机会，导致演变。
征收当事人双方签订了房屋征收补偿安置协议后，被征收人不履行补偿协议约定的，房屋征收部门依法可以提起诉讼。房屋征收补偿安置协议纠纷有两种基本情况：一种情况为被征收人请求法院确认征收补偿安置协议无效或请求法院判决征收人履行征收补偿安置协议；另一种情况为征收人起诉至法院，请求法院判决被征收人履行征收补偿安置协议。
根据《中华人民共和国行政诉讼法》第十二条，诉讼程序受理的范围，人民法院受理公民、法人或者其他组织提起的下列诉讼：（五）对征收、征用决定及其补偿决定不服的；
    另据《中华人民共和国行政诉讼法》若干问题的解释，公民、法人或者其他组织就下列行政协议提起行政诉讼的，人民法院应当依法受理： （二）土地、房屋等征收征用补偿协议；
在征收中，对于房屋征收补偿安置协议来说，无论是被征收人起诉要求确认补偿安置协议无效，还是征收人起诉要求被征收人履行房屋征收补偿安置协议，均需要法院就补偿协议签订的主体、补偿标准是否公平、合理，补偿协议签订的过程是否存在损害公平、公正的行为等事项进行审查。因此，因房屋征收补偿安置协议引起的争议以适用行政诉讼程序更利于维护被征收人的合法权益。